Nuotekų tvarkymo sistemą sudaro nuotekų tinklai, siurblinės, nuotekų valymo ir dumblo apdorojimo įrenginiai
UAB „Kėdainių vandenys“ eksploatuoja 254,85 km nuotekų tinklų (iš jų 101,1 km Kėdainių mieste) bei 120 nuotekų perpumpavimo siurblinių. Visos surenkamos nuotekos yra valomos nuotekų valymo įrenginiuose.
UAB „Kėdainių vandenys“ eksploatuoja 32 nuotekų valymo įrenginius. 2018 m. išvalyta 2856 tūkst.m3 nuotekų iš jų- 2668,1 tūkst.m3 Kėdainių miesto valymo įrenginiuose.
Dumblo tvarkymas
Valant nuotekas, susidaro nemažai nuosėdų- skystojo dumblo, kuriame yra ne tik daug naudingųjų augalams maisto medžiagų, bet ir ekologiniu požiūriu kenksmingų teršalų. Sprendžiant dumblo tvarkymo problemą Kėdainiuose miesto nuotekų valykloje buvo pastatyti ir 2014 m. pradėti eksploatuoti Kėdainių dumblo apdorojimo įrenginiai, kuriuose sukurti pajėgumai Kėdainių miesto nuotekų valykloje bei Josvainiuose ir Akademijoje esančiose valyklose susidariusiam dumblui tvarkyti.
Iki 2014 m. dumblas buvo sausinamas filtpresais ir vežamas į dumblo kaupimo-sandėliavimo aikšteles. Nuo 2014 m. pradėjus eksploatuoti naujus dumblo apdorojimo įrenginius dumblas yra pūdomas, po to sausinamas centrifugomis ir džiovinamas dumblo džiovinimo įrenginyje iki 96% sausumo. Išdžiovintas dumblas kraunamas į maišus ir sandėliuojamas dumblo sandėlyje. Per metus susandėliuojama virš 600 tonų dumblo granulių.